L'EAE reconnaît que les livres deutérocanoniques ou « second canon » — Tobit, Sagesse, Sirach (Ecclésiaste), Baruch, Maccabées, et certains ajouts à Ésther et Daniel — sont importants documents de la piété et de l'enseignement des juifs après l'exil et qu'ils contiennent une sagesse spirituelle valable. Ces livres sont inclus dans la plupart des Bibles catholiques et orthodoxes mais sont exclus du canon protestant.

Bien que l'EAE n'affirme pas que ces livres sont scripturaires au même niveau que les 66 livres du canon protestant, l'EAE ne les rejette pas comme complètement dénués de valeur. Ils peuvent être lus pour l'édification, la compréhension de l'histoire et du développement du judaïsme et du christianisme primitif, et pour les enseignements moraux et spirituels qu'ils contiennent. Les traditions piétistes permettent l'apprentissage à partir de divers sources spirituelles, y compris les textes que le canon strict exclut.

L'EAE maintient que l'Écriture canonique de 66 livres est suffisante pour diriger la foi et la pratique. Les livres deutérocanoniques, bien que spirituellement utiles, ne possèdent pas l'autorité finale que possèdent les Écritures canoniques. Cette position reflète le standard protestant historique établi lors de la Réforme, tout en permettant une appréciation pour la sagesse et l'instruction contenues dans ces textes deutérocanoniques.