Le congrégationalisme, comme toute la tradition réformée protestante, affirme l'interprétation traditionnelle de Jean 1:1 — « le Verbe était Dieu » — comme affirmation de la pleine déité du Logos préexistant. Cette affirmation est au cœur de la Christologie congrégationaliste et de la foi trinitaire. La Déclaration de Savoy reproduit la doctrine réformée classique : le Logos éternel qui « au commencement... était avec Dieu et était Dieu » est identique au Fils incarné, Jésus-Christ.

Certains interprètes modernes ont proposé que Jean 1:1 ne déclare pas la pleine déité du Logos (quelques traductions suggèrent « le Verbe était divin » plutôt que « le Verbe était Dieu »). Cependant, la position congrégationaliste traditionnelle — et celle de la plupart des protestants réformés — maintient que le verset affirme que le Logos préexistant est Dieu, coégal et coéternel avec le Père. Cette affirmation soutient la théologie incarnatoire du Fils de Dieu et l'expiation par le Christ.