L'Église des Frères affirme le canon protestant standard de 66 livres : 39 livres de l'Ancien Testament et 27 livres du Nouveau Testament. Elle rejette les livres deutérocanoniques (Tobit, Sagesse, Sirach, Maccabées, etc.) que l'Église catholique inclut dans son canon.

L'Église souligne particulièrement l'autorité du Nouveau Testament comme « règle de foi et de pratique ». Cela signifie que les doctrines et pratiques ecclésiales doivent être fondées sur l'enseignement apostolique du Nouveau Testament, pas sur la tradition, la philosophie ou les innovations post-apostoliques.

Le canon a été déterminé par l'Église apostolique primitive au travers d'un processus de discernement du Saint-Esprit. Les critères d'inclusion comprenaient : l'apostolicité (auteur apôtre ou associé apôtre), l'usage ancien et universel, la cohérence avec la foi apostolique. L'Église des Frères maintient que le canon est fermé : aucun nouveau livre ne sera ajouté. Les 66 livres reçus contiennent toute la révélation divine nécessaire au salut et à la vie chrétienne.