La Science chrétienne rejette la doctrine traditionnelle de la Trinité comme trois personnes en un Dieu. Elle enseigne plutôt que Dieu est un Principe divin unique—l'Esprit infini, ou la Science divine—et que les termes « Père, Fils et Esprit-Saint » sont des noms synonymes pour les attributs divins : Vie, Vérité et Amour respectivement. Mary Baker Eddy a écrit dans Science et Santé avec la Clef de l'Écriture que ces termes désignent un seul Dieu exprimant différents aspects de sa nature infinie.

Cette position rejette fondamentalement le Credo de Nicée et les formulations athanasiennes, les considérant comme des erreurs théologiques provenant de l'esprit mortel plutôt que de la compréhension spirituelle. Le Principe divin est impersonnel et absolu, non un être avec des relations personnelles.