La Science chrétienne n'impose pas une interdiction uniforme du service militaire, mais la position varie. Certains praticiens considèrent que le service militaire est incompatible avec l'accentuation de la Science chrétienne sur l'Amour divin et la non-violence. D'autres participent au service militaire tout en maintenant leur pratique spirituelle.

Historiquement, durant les guerres mondiales, certains praticiens ont cherché le statut d'objecteur de conscience pour rester fidèles à leurs convictions pacifistes. Cependant, il n'y a pas de directive officielle d'église interdisant le service militaire. La conscience individuelle prévaut, et la décision dépend de la compréhension personnelle de la Vérité et de l'Amour divin.