Les Frères en Christ rejettent la doctrine catholique romaine et orthodoxe d'un sacerdoce ministériel distinct des laïcs. Tous les croyants sont prêtres — un principe fondamental de la Réforme que les Frères en Christ affirment. Tous les chrétiens ont un accès direct à Dieu par le Christ ; aucun intermédiaire sacerdotal n'est nécessaire.

Le leadership pastoral est affirmé comme une fonction nécessaire au sein de la congrégation. Les pasteurs sont appelés, mis à part et ordonnés pour paître le peuple de Dieu, administrer les sacrements/ordonnances et enseigner l'Écriture. Cependant, les pasteurs ne sont pas des prêtres au sens sacramentel ; ils ne médiatisent pas le salut ni n'accomplissent des sacrifices.

Concernant les femmes dans le ministère, la dénomination est en transition. Historiquement, le ministère pastoral était limité aux hommes. De plus en plus, les congrégations et les chefs d'église affirment que les femmes sont appelées au ministère pastoral et devraient être ordonnées. Ceci est devenu un sujet de conversation et de discernement continu plutôt qu'une doctrine établie. Certaines congrégations ordonnent les femmes ; d'autres ne l'ont pas encore fait.