Le BFM2000 identifie le Saint-Esprit comme la troisième personne de la Trinité, pleinement divin et coégal avec le Père et le Fils. L'Esprit était actif dans la création et dans l'inspiration de l'Écriture, et convainc maintenant le monde du péché, régénère le pécheur à la conversion, habite chaque croyant et sanctifie le racheté tout au long de sa vie. L'Esprit est la présence divine qui rend possible la vie chrétienne et donne du pouvoir à l'Église pour le témoignage.

La Convention Baptiste du Sud n'exige pas ou n'endosse pas officiellement le parler en langues comme preuve normative du baptême du Saint-Esprit. Contrairement au pentecôtisme classique, la plupart des théologiens SBC tiennent une position cessationniste ou prudemment ouverte concernant les dons miraculeux — bien que les églises individuelles varient dans la pratique. La position SBC est que l'Esprit distribue souverainement les dons selon sa volonté pour l'édification de l'Église.